«Склифосовский» 3 сезон начал транслироваться в 2014 году четырнадцатого апреля на телеканале «Россия 1».
В новом сезоне герои переживут ряд серьезных событий, которые изменят их жизнь. Из института скорой помощи уходит Зименская, и в качестве главного врача в «Склиф» возвращается Марина Нарочинская. Это становится большим сюрпризом для многих сотрудников, но в большей степени для Брагина. Для Олега, теперь состоящего в браке, приход Марины станет серьезным испытанием, но и сама Нарочинская в отношениях с Александром. Так же и медсестра Леночка, которая на данный момент является супругой Брагина, преподнесет немало шокирующих сюрпризов, что вынудит героя вновь оказаться перед непростым выбором.
Страсти вскипят и в семье Пастуховых, после того как Петра лишили должности заведующего отделением и появления ребенка, Полина престала мириться с инфантильностью и неприспособленностью к семейному быту своего супруга. Место Пастухова занимает опытный врач Ирина Алексеевна Павлова, которую приглашает Нарочинская. Перед новой заведующей стоит трудная задача – навести порядок в хаотичном мире отделения.